Задачи заповедников в области изучения таксономического разнообразия и экологического мониторинга смыкаются с аналогичными задачами, стоящими в результате ратификации Конвенции о сохранении биоразнообразия страны. Материалы повторных инвентаризаций отвечают задачам преимущественно долговременного мониторинга. Они необходимы не только для фундаментальной оценки состояния флоры и фауны (и биоразнообразия в целом) страны и отдельных ее регионов, но и могут быть востребованы в ЕГСЭМ (Единая государственная система экологического мониторинга) для оценки качества окружающей среды. При этом очень важно свести внутренние антропогенные воздействия к минимуму. Для усиления этой роли заповедников необходимо ускорить процесс выявления и публикаций флор и фаун новых заповедников и провести повторную инвентаризацию в некоторых давно существующих, изучать “норму” состояния экосистем, а также развивать индикационные исследования.